При оказании российской организацией в порту услуг по перевалке и хранению товаров, ввозимых на территорию РФ (вывозимых за пределы территории РФ) морскими или речными судами, судами смешанного (река – море) плавания, нулевая ставка НДС применяется независимо от даты их помещения на территории РФ под соответствующие таможенные процедуры, в том числе под процедуры выпуска для внутреннего потребления или таможенного транзита.
Что касается обложения НДС услуг по обслуживанию экспортно-импортных грузов (включая подготовку, доставку и оформление документов, составление электронных отчётов и предоставление информации клиенту, приём и транспортировку грузов к месту погрузки (выгрузки), оформление грузов в таможенных органах, обслуживание контейнеров и т.д.), оказываемых в порту на основании договора перевалки экспортно-импортных грузов и договора по затарке (вытарке, перетарке) грузов, то нулевая ставка НДС применяется в отношении транспортно-экспедиционных услуг, оказываемых при организации международной перевозки на основании договора транспортной экспедиции (подп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ в редакции, действующей с 1 января 2011 г.). Вышеназванные услуги, оказываемые на основании иных договоров и не связанные с международной перевозкой, подлежат налогообложению по ставке 18%.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 29.12.2010 № 03-07-08/375.