Российская организация, реализующая на территории РФ услуги по передаче прав использования программного обеспечения и услуги по лицензированию поддержки программного обеспечения в рамках посреднического договора, заключённого с иностранной организацией, является налоговым агентом по НДС.
При перечислении НДС следует руководствоваться Письмом ФНС России от 03.04.2009 № ШС-22/3/257.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 17.06.2009 № 03-07-08/132.