В соответствии с подп. 13 п. 2 ст. 149 НК РФ услуги, оказываемые без взимания дополнительной платы по ремонту и техническому обслуживанию товаров и бытовых приборов в период гарантийного срока их эксплуатации, включая стоимость запасных частей для них и деталей к ним, от обложения НДС освобождены.
На основании п. 2 ст. 170 НК РФ суммы НДС, фактически уплаченные при ввозе товаров на территорию РФ, учитываются в стоимости таких товаров в случае их использования для операций по производству и (или) реализации товаров, не подлежащих налогообложению НДС.
Таким образом, суммы НДС, уплаченные таможенным органам при приобретении запасных частей, используемых при проведении гарантийного ремонта оборудования, вычету не подлежат.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 02.11.2010 № 03-07-07/72.