Зачёт сумм излишне уплаченных федеральных налогов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов (п. 1 ст. 78 НК РФ).
Поскольку НДФЛ, транспортный налог и налог на имущество физических лиц относятся к разным видам налогов (статьи 13–15 НК РФ), налоговый орган не может произвести их зачёт между собой.
Об этом говорится в Письме Минфина России от 11.10.2010 № 03-02-08/60.