В соответствии с п. 4 ст. 83 НК РФ в случае, если несколько обособленных подразделений организации находятся в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам, постановка организации на учёт может быть осуществлена налоговым органом по месту нахождения одного из её обособленных подразделений, которое определяется организацией самостоятельно.
Таким образом, организация, осуществляющая деятельность через обособленные подразделения, находящиеся в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам, должна зарегистрировать в установленном порядке контрольно-кассовую технику в территориальном налоговом органе по месту нахождения одного из её обособленных подразделений, в котором организация поставлена на учёт.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 18.08.2010 № 03-01-15/7-183.