Сумма излишне уплаченного налогоплательщиком налога на прибыль организаций не может быть зачтена налоговому агенту в счёт погашения недоимки по НДФЛ, сумма которого, подлежащая перечислению в бюджетную систему РФ, удерживается из денежных средств налогоплательщиков.
Вместе с тем налогоплательщик, на основании п. 6 ст. 78 НК РФ, вправе подать в налоговый орган заявление о возврате излишне уплаченной суммы налога на прибыль организаций.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 19.02.2010 № 03-02-07/1-69.