Согласно п. 3 ст. 168 НК РФ при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав соответствующие счета-фактуры выставляются не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг) или со дня передачи имущественных прав. Таким образом, счета-фактуры в отношении транспортно-экспедиционных услуг выставляются экспедитором не позднее пяти дней, считая с даты оказания услуг, определенной договором транспортной экспедиции.
В графе 1 счета-фактуры следует указывать наименование поставляемых (отгруженных) товаров (описание выполненных работ, оказанных услуг), переданных имущественных прав (п. 2 Правил заполнения счета - фактуры, применяемого при расчетах по НДС, утвержденных постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Указание в счетах-фактурах дополнительных реквизитов (сведений) нормами Налогового кодекса и Правилами заполнения счета-фактуры не запрещено.
Таким образом, в счетах-фактурах, выставляемых экспедитором при оказании услуг транспортной экспедиции, возможно указание дополнительных сведений, в том числе номеров транспортных накладных.