Организация выплачивает своим работникам компенсацию в размере сумм НДФЛ, удержанных с суточных, размер которых превышает размеры, подлежащие освобождению от обложения НДФЛ на основании п. 3 ст. 217 НК РФ. Такая компенсация должна облагаться НДФЛ, поскольку при определении налоговой базы в соответствии с п. 1 ст. 210 НК РФ учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной форме.
Суммы выплаченных компенсаций организация может учесть в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией на основании подп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ, при условии, что порядок выплаты такой компенсации определен в коллективном договоре или локальном нормативном акте.