Компании отказали в выдаче лицензии. Посчитав, что уплаченная за выдачу лицензии госпошлина в таком случае должна быть возвращена, организация обратилась в Минфин России за разъяснением порядка возврата. Но чиновники указали, что в ст. 333.40 НК РФ приведён исчерпывающий перечень случаев, в которых возможен возврат уплаченной госпошлины. Так, вернуть можно суммы госпошлины, уплаченной в большем размере, чем это предусмотрено главой 25.3 НК РФ. Возврат может быть произведён также в случае отказа лиц, уплативших госпошлину, от совершения юридически значимого действия до обращения в уполномоченный орган, совершающий это действие (подп. 4 п. 1 ст. 333.40 НК РФ).
Таким образом, в случае, когда организация обратилась в уполномоченный орган с заявлением за совершением юридически значимого действия в отношении неё и (или) за выдачей документов и получила обоснованный отказ, уплаченная сумма госпошлины возврату не подлежит.
Такие разъяснения даны в Письме Минфина России от 01.06.2012 № 03-05-05-03/10.