По вопросу налогообложения операций с ценными бумагами Минфин России в Письме от 31.03.2011 № 03-03-06/1/190 сообщает следующее.
Согласно п. 2 ст. 280 НК РФ в целях исчисления налога на прибыль доходы налогоплательщика от операций по реализации или иного выбытия ценных бумаг определяются, в частности, исходя из цены реализации, а расходы – исходя из цены приобретения ценной бумаги (включая расходы на её приобретение) и затрат на её реализацию.
Таким образом, при реализации ценных бумаг, приобретённых на денежные средства, полученные от участников в виде вклада в имущество общества, организация может из доходов от их реализации вычесть расходы на их приобретение.