Денежные средства, выделяемые из муниципального бюджета на компенсацию расходов организаций по оплате приобретаемых ими товаров (работ, услуг), не учитываются при расчёте НДС. Такая позиция содержится в Письме Минфина России от 13.10.2010 № 03-07-11/407.
Минфин России ссылается на то, что согласно подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ налоговая база по НДС увеличивается на суммы, полученные за реализованные товары (работы, услуги) в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счёт увеличения доходов либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). А значит, по мнению министерства, в случае если денежные средства выделяются из муниципального бюджета на компенсацию расходов организаций по оплате приобретаемых ими товаров (работ, услуг), а не оплату товаров (работ, услуг), реализуемых этими организациями, то такие денежные средства не включаются в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость.