В соответствии с п. 3 ст. 210 НК РФ для доходов, в отношении которых предусмотрена налоговая ставка 13%, установленная п. 1 ст. 224 НК РФ, налоговая база определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих налогообложению НДФЛ, уменьшенных на сумму налоговых вычетов, в частности имущественных налоговых вычетов в сумме фактически произведённых налогоплательщиком расходов, например на приобретение на территории РФ жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них и т.д. (подп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ).
Таким образом, имущественные налоговые вычеты применяются только к доходам налогоплательщиков, подлежащим налогообложению НДФЛ по ставке 13%.
Об этом сообщил Минфин России в Письме от 07.06.2010 № 03-11-11/157.