К сожалению, вы не указали, о каких именно выплатах идет речь. Вероятнее всего, сотруднику по решению суда начислена компенсация в размере среднего заработка за все время вынужденного прогула (ст. 394 ТК РФ).
По мнению Минфина, такая компенсация облагается НДФЛ и ЕСН, поскольку прямо не поименована в закрытом перечне льготируемых компенсационных выплат п. 3 ст. 217 НК РФ, пп. 2 п. 1 ст. 238 НК РФ (Письма Минфина России от 26.07.2007 N 03-04-05-01/247, от 25.06.2007 N 03-04-06-01/199).
Обязанность налоговых агентов удерживать НДФЛ при выплате доходов физическим лицам установлена ст. 226 НК РФ.
Как правило, в судебном решении сумма компенсации за время вынужденного прогула указана без учета НДФЛ. Если организация удержит из этой суммы НДФЛ, то ей грозит административное наказание в виде штрафа от 500 до 1000 руб. или административный арест на срок до 15 суток за неисполнение решения суда (п. 1 ст. 17.3 КоАП РФ). Поэтому организация обязана выплатить сотруднику всю сумму, указанную в судебном решении.
Поскольку организация как налоговый агент не может удержать налог, необходимо письменно сообщить об этом в налоговые органы в течение месяца со дня выплаты сотруднику компенсации (п. 5 ст. 226 НК РФ).
Для этого ФНС России рекомендует использовать форму N 2-НДФЛ "Справка о доходах физического лица за 200_ год" (п. 3 Приказа ФНС России от 13.10.2006 N САЭ-3-04/706@ "Об утверждении формы сведений о доходах физических лиц"). К справке можно приложить заявление в произвольной форме о невозможности удержать налог. По нашему мнению, датой получения дохода будет дата выплаты денежных средств сотруднику (пп. 1 п. 1 ст. 223 НК РФ). Именно в этом месяце 2007 г. нужно отразить в справке по форме N 2-НДФЛ сумму дохода и исчисленную сумму налога.