Если налогоплательщик в налоговом периоде не исчисляет налоговую базу по НДС, то он не вправе принимать к вычету НДС по приобретённым товарам (работам, услугам). Указанные налоговые вычеты производятся не ранее того налогового периода, в котором возникает налоговая база по НДС.
Суммы НДС по приобретённым товарам (работам, услугам), подлежащие вычетам в случае приобретения товаров (работ, услуг) для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения НДС, уменьшают общую сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 166 НК РФ (п. 1 и 2 ст. 171 НК РФ). Согласно ст. 166 НК РФ НДС исчисляется как соответствующая налоговой ставке процентная доля налоговой базы, определённой в соответствии с положениями НК РФ.
Об этом сообщил Минфин России в Письме от 01.10.2009 № 03-07-11/245.