Если компания приобретает у иностранной организации по лицензионному договору права на использование компьютерных программ через интернет, то НДС не будет.
Такая точка зрения содержится в письме Минфина России от 12.04.2017 № 03-07-08/21812. Аргументируется она следующим образом.
По общему правилу операция по приобретению права пользования компьютерными программами облагается НДС. Ведь согласно п. 1 ст. 146 НК РФ объектом обложения НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории РФ. При этом если покупатель электронных услуг (а в их число входят и услуги по предоставлению прав на использование программ для электронных вычислительных машин через интернет) осуществляет деятельность на территории РФ, то местом реализации таких услуг является наша страна (подп. 4 п. 1 ст. 148 НК РФ).
В то же время в соответствии с подп 26 п. 2 ст. 149 НК РФ освобождаются от обложения НДС операции по передаче исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин (ЭВМ), базы данных, топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора.
Таким образом, услуги по предоставлению иностранной компанией прав на использование программ для электронных вычислительных машин через интернет на основании лицензионного соглашения не облагаются НДС.