Минфин России в письме от 18.03.2014 № 03-07-15/11691 напомнил, что согласно подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом налогообложения НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории РФ. Перечень исключений из данного правила установлен п. 2 этой же статьи, и выполнение бюджетными учреждениям работ, не включенных в государственное (муниципальное) задание, в нем не поименовано.
Такие работы должны облагаться НДС в общеустановленном порядке независимо от источника их финансирования.