ФНС России в письме от 12.03.2014 № БС-4-11/4431@ напомнила, что организация, имеющая обособленные подразделения, должна перечислять НДФЛ с доходов сотрудников таких подразделений в бюджет по месту учета каждого обособленного подразделения.
При этом следует оформлять отдельные платежные поручения по каждому обособленному подразделению с указанием присвоенного ему при постановке на налоговый учет КПП и соответствующего кода ОКТМО муниципального образования, в бюджет которого перечисляется налог.