Согласно подп. 13 п. 1 ст. 265 НК РФ к внереализационным расходам относятся, в частности, расходы на возмещение причиненного ущерба.
В соответствии с п. 2 ст. 15 НК РФ под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб) и неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).
Таким образом, выплаты организации в виде штрафов за нарушение работниками дисциплины во время выполнения работ не могут быть приравнены к возмещению причиненного ущерба и при исчислении налоговой базы по налогу на прибыль организаций не учитываются.
(Письмо Минфина России от 06.02.2014 № 03-03-06/1/4678)