Бюджетные средства в виде субсидий, получаемые на возмещение затрат по приобретению товаров (работ, услуг), в налоговую базу по НДС не включаются, так как не связаны с оплатой реализуемых товаров (работ, услуг). При этом в случае оплаты указанных товаров (работ, услуг) за счет выделенных бюджетных средств, суммы НДС вычету не подлежат, поскольку это приведет к повторному возмещению налога из бюджета.
Если же субсидии получены в качестве оплаты реализуемых налогоплательщиком товаров (работ, услуг), то их сумма облагается НДС на основании подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ, а суммы налога, предъявленные поставщиками товаров (работ, услуг) производственного назначения, принимаются к вычету в общеустановленном порядке.