По операциям, осуществляемым в рамках предпринимательской деятельности, облагаемой ЕНВД, индивидуальные предприниматели не признаются налогоплательщиками НДС, кроме случаев ввоза товаров на территорию РФ.
В связи с этим у предпринимателей нет обязанности выделять НДС в счетах-фактурах на услуги. Но если в счете-фактуре покупателю выделена сумма НДС, её нужно уплатить в бюджет.
Такой вывод содержится в письме Минфина России от 22.02.2012 № 03-11-11/53.