В соответствии с абз. 9 п. 4 ст. 170 НК РФ налогоплательщики имеют право не применять положения данного пункта к тем налоговым периодам, в которых доля совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5% общей величины совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав. При этом все суммы НДС, предъявленные таким налогоплательщикам продавцами товаров (работ, услуг), имущественных прав в указанном налоговом периоде, подлежат вычету в соответствии с порядком, предусмотренном ст. 172 НК РФ.
Таким образом, указанная норма применяется в том числе в отношении услуг по предоставлению займов, операции по реализации которых освобождаются от налогообложения НДС.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 30.11.2011 № 03-07-07/78.