Согласно п. п. 2 и 3 ст. 346.11 НК РФ организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН, не признаются налогоплательщиками НДС.
Исключения составляют только: ввоз товаров на территорию РФ и иные территории, находящиеся под её юрисдикцией, осуществление совместной деятельности и случаи когда организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН, выполняют роль налогового агента по НДС. В иных случаях организации и индивидуальные предприниматели, перешедшие на УСН исчислять НДС не должны.
Таким образом, организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН, реализуют товары (работы, услуги) без учёта НДС. Следовательно, при заключении контрактов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для муниципальных нужд с налогоплательщиками, применяющими УСН и, соответственно, не являющимися налогоплательщиками НДС, цену контракта следует рассчитывать без НДС.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 22.08.2011 № 03-11-06/2/121.