В соответствии с подп. 38 п. 2 ст. 346.25.1 НК РФ применение УСН на основе патента разрешается индивидуальным предпринимателям, осуществляющим автотранспортные услуги. Документом, удостоверяющим право применения индивидуальными предпринимателями УСН на основе патента, является выдаваемый индивидуальному предпринимателю налоговым органом патент на осуществление одного из видов предпринимательской деятельности.
При этом патент действует только на территории того субъекта РФ, на территории которого он выдан. Налогоплательщик, имеющий патент, вправе подавать заявление на получение другого патента в целях применения УСН на основе патента на территории другого субъекта РФ.
Следовательно, если предприниматель оказывает автотранспортные услуги по перевозке грузов на территории нескольких субъектов РФ, но патент на осуществление данного вида деятельности получен им только на территории одного из субъектов, он обязан уплачивать налоги в отношении доходов, полученных в других субъектах РФ от указанного вида деятельности, в соответствии с иными режимами налогообложения.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 24.05.2011 № 03-11-11/135.