В ст. 214.1 НК РФ установлен специальный порядок налогообложения доходов по операциям с ценными бумагами и операциям с финансовыми инструментами срочных сделок, который не зависит от того, осуществляет ли физическое лицо – получатель дохода операции с ценными бумагами в качестве индивидуального предпринимателя или нет.
В силу п. 18 ст. 214.1 НК РФ налоговым агентом признаются доверительный управляющий, брокер, иное лицо, осуществляющее в интересах налогоплательщика операции с ценными бумагами и (или) финансовыми инструментами срочных сделок на основании соответствующего договора с налогоплательщиком: договора доверительного управления, договора на брокерское обслуживание, договора поручения, договора комиссии или агентского договора.
Таким образом, если организация, при посредстве которой физическое лицо осуществляет операции с ценными бумагами, относится к одной из вышеуказанных категорий лиц, она является налоговым агентом и обязана исчислить сумму НДФЛ, удержать её из дохода налогоплательщика и перечислить в бюджет независимо от того, является ли физическое лицо индивидуальным предпринимателем или нет.
Если физическое лицо является индивидуальным предпринимателем, доходы от операций с ценными бумагами при расчёте налоговой базы от предпринимательской деятельности вторично не учитываются (Письмо Минфина РФ от 10.02.2011 № 03-04-05/4-74).