Не израсходованные на конец налогового периода субсидии, в отношении которых принято решение об их использовании в течение следующего года, не учитываются в доходах при исчислении налога на прибыль. На это указывает Минфин в Письме от 30.09.2010 № 03-03-06/4/93.
В соответствии с подп. 14 п. 1 ст. 251 Налогового кодекса доходы в виде субсидий, выделенные автономным учреждениям, относятся к средствам целевого финансирования, не учитываемым при определении базы по налогу на прибыль организаций. При этом налогоплательщики, получившие средства целевого финансирования, обязаны вести раздельный учёт доходов (расходов), полученных (произведённых) в рамках целевого финансирования. Источник целевого финансирования определяет допустимые формы и сроки использования средств целевого финансирования.
Из положений ст. 4 Федерального закона от 03.11.2006 № 174-ФЗ «Об автономных учреждениях» следует, что учредитель автономного учреждения устанавливает для него задание. Учредитель осуществляет финансовое обеспечение выполнения задания. Согласно ст. 69.1 Бюджетного кодекса финансовое обеспечение деятельности автономных учреждений осуществляется путём выделения субсидий, включая субсидии на возмещение нормативных затрат по оказанию ими государственных (муниципальных) услуг физическим и юридическим лицам.
Положений о признании внереализационным доходом не использованных на конец налогового периода субсидий, в отношении которых учредителем принято решение об использовании в течение следующего года, ст. 250 НК РФ не предусмотрено. А значит, такие средства не могут быть учтены в качестве дохода при исчислении налога на прибыль.