В данном случае возможны варианты, зависящие от фактической причины неподписания акта.
Если заказчик не имеет претензий к самому акту, но при этом считает, что ваша организация что-то недоделала, то аннулировать сам акт не нужно. Когда ваша организация выполнит то, что требует заказчик, либо сможет убедить его, что все сделано правильно, заказчик подпишет имеющийся акт. При этом рядом с подписью он укажет дату подписания, на которую вы как раз и должны будете отразить реализацию работ в бухгалтерском и налоговом учете.
Если же у заказчика есть претензии к содержанию самого акта, то возможно акт придется переделывать заново (если заказчика не удастся убедить).
При обоих вариантах счет-фактуру нужно аннулировать. Ведь в силу п. 3 ст. 168 НК РФ он должен выставляться в течение пяти дней со дня подписания акта. Когда будет подписан заказчиком прежний или новый акт, нужно будет сделать новый счет-фактуру.
Однако из вопроса можно понять, что организация на основе не подписанного заказчиком акта уже отразила реализацию в бухгалтерском и налоговом учете, зарегистрировала счет-фактуру в книге продаж, начислила НДС. Соответственно, это можно признать ошибкой текущего периода, подлежащей исправлению. Согласно п. 5 ПБУ 22/2010 «Исправление ошибок в бухгалтерском учете и отчетности» ошибка отчетного года, выявленная до окончания этого года, исправляется записями по соответствующим счетам бухгалтерского учета в том месяце отчетного года, в котором выявлена ошибка. Как правило, для такого исправления используется метод красного сторно.
В налоговом учете также проводится аннулирование ранее сделанных записей реализации работ. Если организация сдает декларации по налогу на прибыль ежемесячно, то потребуется представить уточненную декларацию за июль.
Регистрация счета-фактуры в книге продаж аннулируется записью с тем же номером счета-фактуры, но с отрицательными суммами (п. 11 Правил ведения книги продаж, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).