С января 2008 г. ЕНВД не применяется налогоплательщиками, которые отнесены к категории крупнейших в соответствии со ст. 83 НК РФ (п. 2.1 ст. 346.26 НК РФ в ред. Федерального закона от 17.05.2007 N 85-ФЗ).
В соответствии с Методическими указаниями для налоговых органов по вопросам учета крупнейших налогоплательщиков - российских организаций, утвержденными Приказом ФНС России от 27.09.2007 N ММ-3-09/553@ (далее - Методические указания), ФНС России ежегодно формирует Список организаций - крупнейших налогоплательщиков по финансово-экономическим показателям их деятельности.
Постановка на учет таких организаций в межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам осуществляется согласно утвержденному графику, который рассылается по подведомственным налоговым инспекциям.
Методические указания разработаны в целях единообразия процедуры учета крупнейших налогоплательщиков в налоговых органах с учетом положений Налогового кодекса РФ, Особенностей постановки на учет крупнейших налогоплательщиков (утв. Приказом Минфина России от 11.07.2005 N 85н; далее - Особенности), Приказа ФНС России от 26.04.2005 N САЭ-3-09/178@ "Об утверждении формы N 9-КНУ "Уведомление о постановке на учет в налоговом органе юридического лица в качестве крупнейшего налогоплательщика".
При этом постановка на учет крупнейшего налогоплательщика осуществляется в межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, к компетенции которой отнесен налоговый контроль за соблюдением данным крупнейшим налогоплательщиком законодательства о налогах и сборах (п. 1 Особенностей).
Процедура постановки на учет крупнейшего налогоплательщика в указанной инспекции начинается с запроса межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам у инспекции ФНС России, в которой крупнейший налогоплательщик состоит на учете по месту своего нахождения, заверенных в установленном порядке копий документов, содержащихся в учетном деле крупнейшего налогоплательщика, а также документов по налоговому контролю и лицевых счетов (п. 2 Особенностей).
Инспекция ФНС России по месту нахождения организации направляет запрашиваемые документы в соответствующую межрегиональную (межрайонную) инспекцию ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам в пятидневный срок после получения запроса (п. 3 Особенностей).
Налоговый орган направляет крупнейшему налогоплательщику уведомление о постановке его на учет в качестве крупнейшего налогоплательщика.
Таким образом, этим уведомлением подтверждается отнесение налогоплательщика к категории крупнейших.