Если у налогоплательщика отсутствует недоимка по НДС, иным федеральным налогам, нет задолженности по соответствующим пеням и (или) штрафам, подлежащим уплате или взысканию в случаях, предусмотренных Налоговым кодексом РФ, то сумма НДС, подлежащая возмещению по решению налогового органа, возвращается по заявлению налогоплательщика на указанный им банковский счет (п. 6 ст. 176 НК РФ в редакции, действующей с 1 января 2007 г.).
При наличии письменного заявления налогоплательщика суммы, подлежащие возврату, могут быть направлены в счет уплаты предстоящих налоговых платежей по НДС или иным федеральным налогам.
Статьей 332 Таможенного кодекса РФ установлены способы исполнения обязанности по уплате таможенных пошлин, налогов в связи с перемещением товаров через таможенную границу Российской Федерации, в том числе налога на добавленную стоимость при ввозе товаров на территорию Российской Федерации. При этом исполнение обязанности по уплате таможенных пошлин и налогов путем зачета сумм НДС, подлежащих возмещению налогоплательщику в связи с экспортом товаров по решению налогового органа, в счет уплаты НДС при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации данной статьей Таможенного кодекса не предусмотрено.
Таким образом, сумма налога на добавленную стоимость, подлежащая возмещению налогоплательщику по решению налогового органа, не может быть направлена в счет уплаты этого налога при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации.