Мы считаем, что в вашем случае восстанавливать НДС не требуется. Но велика вероятность, что доказывать это понадобится в суде.
Из текста вопроса следует, что вы получили субсидию на оказание несвязанной поддержки сельскохозяйственным товаропроизводителям в области растениеводства. Порядок предоставления такой субсидии регулируется Правилами, утвержденными постановлением Правительства РФ от 27.12.2012 № 1431 (далее — Правила). Субсидия состоит из двух частей. Одна часть финансируется из федерального бюджета, а другая — из бюджета субъекта РФ. Субсидия предоставляется на софинансирование расходных обязательств субъекта РФ, связанных с реализацией региональных и (или) муниципальных программ, предусматривающих поддержку сельскохозяйственных товаропроизводителей в области растениеводства (п. 2 Правил).
В пункте 2 Правил сказано, что субсидия на оказание несвязанной поддержки сельскохозяйственным товаропроизводителям в области растениеводства предоставляется сельскохозяйственным товаропроизводителям (кроме граждан, ведущих личное подсобное хозяйство) на возмещение части затрат на проведение комплекса агротехнологических работ, повышение уровня экологической безопасности сельскохозяйственного производства, повышение плодородия и качества почв.
Как видите, Правила не содержат конкретного перечня затрат, на возмещение которых предоставляется субсидия. Предоставление несвязанных субсидий осуществляется в рамках мероприятия «Поддержка доходов сельскохозяйственных товаропроизводителей в области растениеводства» (п. 9 раздела III подпрограммы «Развитие подотрасли растениеводства, переработки и реализации продукции растениеводства» Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2013—2020 г., утвержденной постановлением Правительства РФ от 14.07.2012 № 717). В этом документе четко указано, что такое субсидирование предоставляется на повышение доходов сельскохозяйственных товаропроизводителей. Что еще раз подтверждает, что оно не связано с компенсацией каких-либо конкретных видов затрат.
В этом заключается принципиальное отличие данной субсидии от субсидий, предоставлявшихся ранее в рамках Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2008—2012 годы (утвержденной постановлением Правительства РФ от 14.07.2007 № 446), которые прямо направлялись на компенсацию затрат по приобретению определенных материальных ресурсов (минеральных удобрений, семян и т.д.).
Данный вывод подтверждает и п. 17 Правил, в котором установлен показатель результативности предоставления субсидии — увеличение уровня интенсивности использования посевных площадей в субъекте Российской Федерации. При этом если в отчетном году установленное значение показателя результативности предоставления субсидии достигнуто не будет, на следующий год происходит сокращение размера предоставляемой субсидии.
Налоговый кодекс содержит следующее правило: суммы НДС, принятые к вычету по товарам (работам, услугам), в том числе по основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, подлежат восстановлению в случае получения налогоплательщиком в соответствии с законодательством РФ субсидий из федерального бюджета на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом НДС (подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ).
В данной норме уточнено, что восстановлению подлежат суммы налога в размере, ранее принятом к вычету. При этом восстановление сумм налога производится в том квартале, в котором получены суммы предоставляемых субсидий.
На наш взгляд, эту норму нужно понимать так: восстановить НДС нужно лишь по тем товарам (работам, услугам), в возмещение затрат на которые и была предоставлена субсидия из федерального бюджета. Это косвенно подтверждает и Минфин России. В своих письмах финансисты разъясняют, что такое восстановление НДС обусловлено необходимостью исключить двойное возмещение НДС из федерального бюджета (письма от 19.09.2013 № 03-07-11/38849, от 01.02.2013 № 03-07-11/2142). Действительно, ведь в этом случае (то есть при возмещении конкретных затрат с учетом НДС за счет субсидии) сумма НДС, которая была уплачена поставщику, компенсируется из средств федерального бюджета. И если налогоплательщик заявит этот НДС к вычету, получится, что налог будет оплачен за счет бюджета еще раз. Если же НДС оплачивался не за счет федеральной субсидии (например, за счет собственных средств или за счет субсидии из регионального бюджета), у компании есть все основания принять его к вычету. И восстанавливать налог в этом случае не нужно (письма Минфина России от 19.09.2013 № 03-07-11/38849, от 30.10.2012 № 03-07-11/462, ФНС России от 28.02.2013 № ЕД-19-3/26).
В вашем случае не определено, на возмещение каких конкретно затрат предоставлена субсидия (не установлено, возмещаются прошлые или будущие затраты, а также нет конкретного перечня таких затрат). Поэтому мы считаем, что на нее не распространяются правила, установленные в подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ. То есть восстанавливать НДС вам не нужно.
Но следование такой позиции сопряжено с риском возникновения претензий со стороны налоговых органов. Ведь они могут руководствоваться формальным подходом: раз субсидия получена из федерального бюджета на возмещение затрат, НДС на основании подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ нужно восстановить.
Если вы не станете рисковать и примете решение о восстановлении НДС, восстанавливать ранее принятый к вычету налог нужно только в части, приходящейся на субсидию, полученную из федерального бюджета.
В заключение отметим, что указание в поле «Назначение платежа» платежных поручений слов «Без НДС» и «НДС не облагается» означает, что операция по предоставлению субсидии НДС не облагается и что в сумму предоставленной субсидии этот налог не входит (п. 5 ст. 168 НК РФ). Наличие такой записи никак не влияет на обязанность по восстановлению НДС, закрепленную в подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ.