В соответствии с п. 2 ст. 146 НК РФ работы (услуги), оказываемые органами государственной власти и местного самоуправления в рамках возложенных на них исключительных полномочий в определённой сфере деятельности, не облагаются НДС.
Автономное учреждение не относится к органам местного самоуправления, следовательно, операции по реализации работ (услуг), выполняемых (оказываемых) данным учреждением, облагаются НДС в общеустановленном порядке.
Об этом говорится в Письме Минфина России от 25.12.2009 № 03-07-11/331.