Расходы на командировки в соответствии с подп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ относятся к прочим расходам, связанным с производством и реализацией.
Поездка работника, направляемого в командировку по распоряжению работодателя или уполномоченного им лица в обособленное подразделение командирующей организации (представительство, филиал), находящееся вне места постоянной работы, признается командировкой (п. 3 Положения об особенностях направления работников в служебные командировки, утв. постановлением Правительства РФ от 13.10.2008 № 749).
Следовательно, затраты на командировки сотрудников в дочерние и зависимые организации учитываются при исчислении налога на прибыль.
Такие разъяснения содержатся в письме Минфина России от 02.09.2009 № 03-03-06/1/560.