В соответствии с Положением об особенностях применения законодательства о налогах и сборах на территории Республики Крым в переходный период, утвержденным постановлением Государственного Совета Республики Крым от 11.04.2014 № 2010-6/14, законодательство РФ о налогах и сборах, за исключением положений, регулирующих отношения по установлению, введению и взиманию земельного налога и взиманию государственной пошлины на территории Республики Крым, применяется, в частности, в отношении обособленных подразделений российских организаций, созданных на территории Республики Крым после 18.03.2014, — со дня создания обособленного подразделения. В настоящий момент на территории Республики Крым создана и функционирует инспекция ФНС России по Республике Крым.
Таким образом, суммы НДФЛ, исчисленного и удержанного с доходов работников обособленного подразделения, расположенного в Крыму, нужно уплачивать в инспекцию ФНС России по Республике Крым