Когда в бухгалтерском учете здание учитывается как единый объект основных средств, в налоговом учете объектом амортизируемого имущества тоже является здание в целом. Поэтому если реконструкции подвергается только часть здания, начисление амортизации прекращается по всему зданию с момента издания приказа о проведении реконструкции.
Об этом Минфин России сообщил в Письме от 16.01.2008 № 03-03-06/1/8.