В соответствии с подп. 4 п. 1 ст. 333.40 НК РФ государственная пошлина подлежит возврату в случае отказа лиц, уплативших государственную пошлину, от совершения юридически значимого действия до обращения в уполномоченный орган, совершающий данное юридически значимое действие.
Если же организация обратилась в уполномоченный орган с заявлением за совершением юридически значимого действия и в отношении неё было принято обоснованное решение об отказе в совершении этого действия, уплаченная госпошлина возврату не подлежит (Письмо Минфина России от 01.06.2012 № 03-05-05-03/10).