Если несколько обособленных подразделений организации находятся в одном муниципальном образовании, городах федерального значения Москве и Санкт-Петербурге на территориях, подведомственных разным налоговым органам, постановка организации на учёт может быть осуществлена налоговым органом по месту нахождения одного из её обособленных подразделений, определяемого этой организацией самостоятельно. Сведения о выборе налогового органа организация указывает в уведомлении, представляемом (направляемом) российской организацией в налоговый орган по месту её нахождения, иностранной организацией - в выбранный ею налоговый орган (п. 4 ст. 83 НК РФ).
На основании указанного положения организации предоставлено право выбора налогового органа для постановки на учёт её обособленных подразделений, в случае если эти обособленные подразделения организации находятся в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 24.01.2011 № 03-02-07/1-21.