Если индивидуальный предприниматель состоит на учёте в разных инспекциях: по месту осуществления деятельности с применением ЕНВД и по месту жительства, НДФЛ с доходов, выплачиваемых работникам, занятым в деятельности, в отношении которой применяется ЕНВД, следует перечислять в бюджет по месту учёта индивидуального предпринимателя в налоговом органе в качестве налогоплательщика единого налога.
В указанный налоговый орган следует также представлять сведения о доходах физических лиц соответствующего налогового периода и суммах начисленных и удержанных в этом налоговом периоде налогов в соответствии с п. 2 ст. 230 НК РФ.
Такой вывод содержится в Письме Минфина России 01.09.2010 № 03-04-05/3-518.