Да, если приобретенный организацией автомобиль фактически может эксплуатироваться (находится в рабочем состоянии) и документы по вводу его в эксплуатацию оформлены в сентябре, то амортизация может начисляться с октября.
В соответствии с п. 4 ст. 259 НК РФ начисление амортизации по объектам амортизируемого имущества, в том числе по объектам основных средств, права на которые подлежат государственной регистрации в соответствии с законодательством Российской Федерации, начинается с первого числа месяца, следующего за месяцем, в котором этот объект был введен в эксплуатацию, независимо от даты его государственной регистрации.
Следовательно, единственным условием начала начисления амортизации является введение объекта основного средства в эксплуатацию.
Согласно Федеральному закону от 10.12.95 № 196-ФЗ «О безопасности дорожного движения» допуск транспортных средств, предназначенных для участия в дорожном движении на территории Российской Федерации, осуществляется путем регистрации транспортных средств и выдачи соответствующих документов.
Регистрация транспортных средств осуществляется в целях обеспечения их государственного учета, надзора за соответствием конструкции, технического состояния и оборудования транспортных средств установленным требованиям безопасности, выявления преступлений и пресечения правонарушений, связанных с использованием транспортных средств, исполнения законодательства Российской Федерации.
Таким образом, сама по себе регистрация автомобиля в органах ГИБДД не оказывает прямого влияния на готовность транспортного средства к эксплуатации, то есть отсутствие такой регистрации не является препятствием для его ввода в эксплуатацию.
Кроме того, положения НК РФ не содержат иных ограничений и правовых последствий в связи с невыполнением требований о регистрации транспортного средства для исчисления налога на прибыль организаций.
Учитывая вышеизложенное, можно сделать вывод, что начисление амортизации по транспортному средству начинается в общеустановленном порядке, то есть с первого числа месяца, следующего за месяцем, в котором этот объект был введен в эксплуатацию, на основании п. 4 ст. 259 НК РФ.
Данный вывод подтверждается как официальными разъяснениями (письмо Минфина России от 13.06.2012 № 03-03-06/1/303), так и арбитражной практикой (постановление ФАС Московского округа от 07.09.2010 № КА-А40/10331-10).