Организация, являющаяся налоговым агентом по НДФЛ по операциям клиентов с ценными бумагами, при расчете налоговой базы по доходам, полученным налогоплательщиком от реализации ценных бумаг, в качестве расходов учитывает только те расходы, которые произведены самой организацией как налоговым агентом для налогоплательщика.
Расходы, произведенные непосредственно налогоплательщиком (например, расходы в виде процентов за пользование заемными денежными средствами, привлеченными налогоплательщиком при приобретении ценных бумаг), могут быть учтены только самим налогоплательщиком при подаче налоговой декларации (Письмо Минфина России от 12.09.2006 № 03-05-01-04/265).