По мнению налоговых органов, порядок перечисления в бюджет НДФЛ по месту нахождения обособленных подразделений зависит от того, присвоен им отдельный КПП или нет.
По общему правилу налоговые агенты – организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения (п. 7 ст. 226 НК РФ). Сумма налога, приходящаяся на подразделение, определяется исходя из облагаемого дохода, выплаченного работникам этого подразделения.
Порядок постановки на учет обособленных подразделений установлен в ст. 83 НК РФ. В пункте 4 данной нормы Кодекса сказано, что если несколько обособленных подразделений находятся в одном муниципальном образовании (городах Москве, Санкт-Петербурге, Севастополе) на территориях, подведомственных разным налоговым органам, постановка на учет может быть осуществлена налоговым органом по месту нахождения одного из ее обособленных подразделений, определяемого организацией самостоятельно. Сведения о выборе налогового органа организация указывает в уведомлении, представляемом в налоговый орган по месту ее нахождения.
В письме от 14.10.2016 № БС-4-11/19528 специалисты ФНС России указали, что при постановке на учет организации по месту нахождения каждого ее обособленного подразделения (в том числе в выбранном организацией в установленном порядке налоговом органе по каждому ее обособленному подразделению) присваивается КПП. Он указывается в уведомлении о постановке на учет.
Если каждому подразделению присвоен отдельный КПП, то платежное поручение на перечисление НДФЛ должно быть оформлено на каждое такое обособленное подразделение, в том числе в случае, когда постановка на учет нескольких обособленных подразделений осуществляется по месту нахождения одного из них.