Налоговые органы солидарны со своими коллегами из Минфина России в том, что морские и речные суда вне зависимости от их вида не должны облагаться транспортным налогом (письмо ФНС России от 16.05.2016 № БС-4-11/8571@).
В подпункте 4 п. 2 ст. 358 НК РФ сказано, что пассажирские и грузовые морские, речные и воздушные суда, находящиеся в собственности (на праве хозяйственного ведения или оперативного управления) организаций и индивидуальных предпринимателей, основным видом деятельности которых является осуществление пассажирских и (или) грузовых перевозок, не являются объектом обложения транспортным налогом. Данная норма не уточняет, на какие конкретно виды судов она распространяется.
В письмах от 02.04.2015 № 03-05-04/18317 и от 10.04.2015 № 03-05-04-04/20422 специалисты Минфина России разъяснили, что при подтверждении факта осуществления организацией или индивидуальным предпринимателем пассажирских и (или) грузовых перевозок, все зарегистрированные на налогоплательщика и находящиеся в его собственности пассажирские и грузовые морские, речные суда не являются объектом налогообложения по транспортному налогу. Аналогичного мнения придерживаются и суды (постановления Президиума ВАС РФ от 21.07.2009 № 3513/09, от 12.02.2013 № 11418/12).