Положения подп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ не предусматривают освобождение от налогообложения НДС на территории РФ услуг по разработке и модификации программного обеспечения, а также передачу прав на них на основании смешанного договора.
Российская организация, приобретающая у иностранной организации вышеуказанные услуги, обязана исчислить и уплатить в российский бюджет в качестве налогового агента НДС со всей стоимости приобретаемых услуг.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина РФ от 02.06.2008 № 03-07-08/134.