Одним из обязательных реквизитов счета-фактуры на аванс является номер платежно-расчетного документа (подп. 3 п. 5.1 ст. 169 НК РФ).
В приложении 1 к Положению о правилах осуществления перевода денежных средств (утверждено Банком России 19.06.2012 № 383-П) сказано, что номер платежного поручения записывается цифрами и должен быть отличен от нуля. Согласно разъяснениям, данным в письме Банка России от 03.04.2013 № 59-Т «О значении реквизита 3 „№“ распоряжений, применяемых в платежной системе Банка России», в случае если номер платежного поручения состоит более чем из трех цифр, оно идентифицируется по трем последним разрядам номера, которые должны быть отличны от «000».
Исходя из этого, специалисты Минфина России в письме от 19.09.2014 № 03-07-09/46986 пришли к выводу, что указание в счете-фактуре, выставленном продавцом при получении авансов, трехзначного номера платежного поручения не является основанием для отказа в принятии к вычету сумм НДС, указанных в данном счете-фактуре.