В соответствии с п. 2 ст. 176.1 НК РФ право на применение заявительного порядка возмещения НДС имеют налогоплательщики, представившие вместе с налоговой декларацией, в которой заявлено право на возмещение налога, действующую банковскую гарантию, предусматривающую обязательство банка на основании требования налогового органа уплатить в бюджет за налогоплательщика суммы налога, излишне полученные им (зачтенные ему) в результате возмещения налога в заявительном порядке, если решение о возмещении суммы налога, заявленной к возмещению в заявительном порядке, будет отменено полностью или частично. При этом количество банковских гарантий, по которым могут быть удовлетворены требования налогового органа, НК РФ не ограничено.
Однако учитывая, что согласно подп. 4 п. 6 ст. 176.1 НК РФ сумма, на которую выдана банковская гарантия, должна обеспечивать исполнение обязательств по возврату в бюджет суммы НДС, заявленной к возмещению, в полном объёме, и принимая во внимание, что налоговый орган согласно п. 8 ст. 176.1 НК РФ принимает одно решение о возмещении суммы налога, заявленной к возмещению в заявительном порядке, налогоплательщик может реализовать право на применение заявительного порядка возмещения налога при представлении в налоговый орган одной банковской гарантии, выданной на заявленную к возмещению сумму налога в полном размере.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 27.12.2011 № 03-07-15/132.