В случае частичной ликвидации объект основных средств не выводится из эксплуатации. Поэтому положения пп. 8 п. 1 ст. 265 НК РФ неприменимы в отношении учёта недоначисленной амортизации по той части объекта основного средства, которая подлежала ликвидации.
Сумма недоначисленной амортизации по ликвидированной части объекта основных средств подлежит включению в состав внереализационных расходов на основании пп. 20 п. 1 ст. 265 НК РФ при условии соответствия таких расходов п. 1 ст. 252 НК РФ.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 19.08.2011 № 03-03-06/1/503.