Подпунктом 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ в редакции, действующей в настоящее время, предусмотрено применение нулевой ставки НДС в отношении транспортно-экспедиционных услуг, перечень которых установлен данным подпунктом, оказываемых российскими организациями и индивидуальными предпринимателями (за исключением перевозчиков на железнодорожном транспорте) на основании договора транспортной экспедиции при организации международных перевозок товаров между пунктами отправления и назначения товаров, один из которых расположен на территории РФ, а другой - за пределами территории РФ.
Федеральным законом от 19.07.2011 № 245-ФЗ в пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ внесены изменения, согласно которым с 1 октября 2011 г. нулевая ставка НДС применяется также в отношении вышеуказанных транспортно-экспедиционных услуг, оказываемых при организации и осуществлении перевозок железнодорожным транспортом от места прибытия товаров на территорию РФ до станции назначения товаров, расположенных на территории РФ.
Таким образом, транспортно-экспедиционные услуги, предусмотренные пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ, включая завоз-вывоз грузов, фактически оказываемые в 2011 г. российскими организациями, не являющимися перевозчиками на железнодорожном транспорте, между пунктами, один из которых расположен на территории РФ, а другой - на территории иностранного государства, облагаются НДС по нулевой ставке как до, так и после 1 октября 2011 г., при условии представления в налоговые органы документов, определённых п. 3.1 ст. 165 НК РФ.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 19.08.2011 № 03-07-08/265.