В соответствии с п. 1 ст. 226 НК РФ российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в п. 2 ст. 226 НК РФ, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 НК РФ. Указанные организации являются налоговыми агентами.
Согласно подп. 1 п. 1 и п. 2 ст. 227 НК РФ физлица, зарегистрированные в установленном действующим законодательством порядке и осуществляющие предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, исчисление и уплату НДФЛ производят самостоятельно по суммам доходов, полученных от осуществления такой деятельности.
Таким образом, при получении индивидуальным предпринимателем от организации доходов от осуществления предпринимательской деятельности организация не признаётся налоговым агентом, поскольку в данной ситуации исчисление и уплату НДФЛ налогоплательщик осуществляет самостоятельно.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 22.07.2011 № 03-04-06/3-176.