Согласно п. 1 ст. 226 НК РФ российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в п. 2 данной статьи НК РФ, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 НК РФ. Указанные лица являются налоговыми агентами. Исчисление сумм и уплата налога в соответствии со ст. 226 НК РФ производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент.
Согласно п. 7 ст. 226 НК РФ совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признаётся источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учёта налогового агента в налоговом органе.
Таким образом, российская организация, производящая выплаты по заключённым с физлицами договорам аренды, признаётся налоговым агентом в отношении таких доходов физлиц и, соответственно, должна исполнять обязанности по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет НДФЛ. При этом НДФЛ должен быть перечислен в бюджет по месту учёта такой организации в налоговом органе.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 01.06.2011 № 03-04-06/3-127.