Да, можете, поскольку право на вычет НДС не завит от того, за счет каких средств — собственных или полученных в виде субсидии — было приобретено оборудование.
Напомним, налогоплательщик вправе применить вычет, если в совокупности будут соблюдены условия, установленные п. 2 ст. 171 и п. 1 ст. 172 НК РФ. Во-первых, приобретаемые товары должны использоваться в деятельности, облагаемой НДС. Во-вторых, необходимо иметь выставленный продавцом счет-фактуру с выделенной суммой налога. В-третьих, оборудование должно быть принято к учету на основании соответствующих первичных документов. Как видим, в Налоговом кодексе нет ни слова о том, что получить вычет можно лишь в случае приобретения товаров за счет собственных средств.
Несмотря на это Минфин России категорически против применения вычетов по НДС в отношении товаров, работ или услуг, приобретенных за счет субсидий, предоставленных из бюджета РФ. Чиновники полагают, что в данном случае суммы НДС оплачиваются продавцам также за счет субсидии, а это приводит к повторному возмещению налога из бюджета (письма от 08.02.2013 № 03-07-11/314401, от 01.02.2013 № 03-07-11/2142, от 08.08.2011 № 03-03-06/4/92, от 21.10.2009 № 03-07-11/260 и от 15.02.2008 № 03-07-11/64). Учитывая столь невыгодную позицию финансового ведомства, шансы столкнуться с претензиями налоговиков на местах достаточно высоки. Об этом свидетельствует и многочисленная судебная практика по спорному вопросу, которая, что примечательно, сложилась в пользу налогоплательщиков.
Так, ФАС Центрального округа в постановлении от 02.11.2012 по делу № 64-2619/2012 поддержал компанию, указав, что для применения вычета ею были выполнены все предусмотренные ст. 171 и 172 НК РФ условия: товары приобретены для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения, приняты к учету и оплачены. При этом налоговое законодательство не ставит право на возмещение НДС в зависимость от источника поступления на счета налогоплательщика денежных средств, использованных для расчетов за приобретаемые товары. Аналогичные выводы содержатся в постановлениях ФАС Северо-Западного округа от 20.05.2010 по делу № А56-67465/2009, Западно-Сибирского округа от 21.10.2009 по делу № А45-21598/2008, Поволжского округа от 19.08.2008 по делу № А65-27753/07 и др.
ФНС России давно заметила эту тенденцию и в целях сокращения проигранных налогоплательщикам судебных споров порекомендовала территориальным инспекторам руководствоваться сложившейся арбитражной практикой (письма от 30.03.2011 № КЕ-4-3/5012 и от 28.07.2009 № 3-1-11/544@). При этом налоговики своего мнения не изменили и отказываются признать, что вычет по налогу на добавленную стоимость в случае приобретения товаров (работ, услуг) за счет средств федерального бюджета правомерен.