Привлечение третьего лица при расчетах поставщика с покупателем не противоречит положениям действующего законодательства. То, что поставщик может принять исполнение обязательства по оплате посредством привлечения третьего лица, косвенно следует, например, из ст. 312 ГК РФ, в которой закреплено право должника потребовать доказательств того, что исполнение обязательства принимается самим кредитором или управомоченным им на это лицом.
Беспокойство покупателя по поводу отсутствия документов, подтверждающих правомерность оплаты услуг в адрес иной организации, объяснимо. Известны случаи, когда при схожих обстоятельствах поставщик требовал оплаты через суд, ссылаясь на неисполнение покупателем обязательств по договору. Подтверждением правомерности исполнения обязательства по оплате не поставщику, а управомоченному им лицу послужила переписка между продавцом и покупателем (постановление ФАС Волго-Вятского округа от 09.02.2012 по делу № А79-1832/2011).
Кроме того, отсутствие документов, подтверждающих правомерность оплаты третьему лицу, может вызвать претензии налоговиков.
При применении метода начисления покупатель признает затраты в налоговом учете уже на дату подписания акта приемки-передачи услуг (п. 2 ст. 272 НК РФ). А вот если затраты признаются кассовым методом (например, в случае, когда покупатель применяет УСН), налоговики могут и поинтересоваться, с какой стати деньги «ушли» стороннему лицу, с которым никаких сделок не заключалось.
Устного соглашения в таком случае будет явно недостаточно. Поэтому покупателю нужно заручиться письмом продавца с указанием наименования организации или ИП, которым необходимо оплатить задолженность, их ИНН, банковских реквизитов и реквизитов договора между поставщиком и покупателем. В платежном поручении покупатель укажет примерно следующее: «ООО Х по договору от 25.07.2012 № 37 между ООО Х и ОАО У за оказанные транспортные услуги».
Что касается ситуации, описанной в вопросе, то требование организации, приобретающей транспортные услуги, выставить счет-фактуру вполне резонно. Однако выставить его должен сам поставщик. И сделать это он должен в том же порядке, что и при прямых расчетах за оказанные услуги. Индивидуальный предприниматель, которому покупатель по просьбе поставщика перечислил денежные средства за оказание транспортных услуг, вообще не должен упоминаться в этих документах.