Суммы НДС, ранее принятые к вычету по товарам (работам, услугам), в том числе по материалам, оставшимся на конец 2008 г., используемым в производственной деятельности после перехода организации на УСН, необходимо восстановить и уплатить в бюджет. При этом исчисление суммы налога, подлежащей восстановлению по амортизируемому имуществу, производится с учётом остаточной стоимости такого имущества, сформированной по данным бухгалтерского учёта.
В соответствии с подп. 1 п. 1 ст. 264 НК РФ при уплате налога на прибыль организаций в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией, учитываются суммы налогов и сборов, таможенных пошлин и сборов, начисленные в установленном законодательством порядке, за исключением перечисленных в ст. 270 НК РФ.
При этом п. 19 ст. 270 НК РФ установлено, что к расходам, не учитываемым для целей налогообложения, относятся расходы в виде сумм налогов, предъявленных в соответствии с НК РФ налогоплательщиком покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав), если иное не предусмотрено НК РФ.
Таким образом, суммы НДС, восстановленные организацией в 2008 г. в связи с переходом с 1 января 2009 г. на УСН, должны учитываться организацией в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией, при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций по итогам 2008 г.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 01.04.2010 № 03-03-06/1/205.